Progress in Plant Protection

Genus Phoma according to the newest taxonomic changes
Rodzaj Phoma w świetle najnowszych zmian taksonomicznych 

Joanna Marcinkowska, e-mail: joanna_marcinkowska@sggw.pl

Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie, Samodzielny Zakład Fitopatologii, Nowoursynowska 166, 02-776 Warszawa, Polska
Abstract

Genus Phoma was described by Saccardo in Sphaeropsidales, Fungi Imperfecti. Species of this genera were characterized by hyaline, 1-celled conidia produced in pycnidia on stems and twigs of plants. For years species of Phoma were identified based on morphological characters studied earlier only in vivo but later also in vitro on 3 standard media. Because of morphological diversity of species identified as Phoma by the end of the 20. century taxonomists divided this genera into 9 sections. Carried out phylogenetic studies of species typical of all sections revealed that they belonged to order Pleosporales, but to 3 different families. It was found that the number of genera distinguished recently from Phoma was higher than the number of sections described earlier. Based on phylogeny and morphological characters of species belonging earlier to the sections of Phoma new genera were distinguished and characterized. Among them are taxons described for the first time, e.g. Boeremia, and genera for which names were given earlier, e.g. Plenodomus (renamed one) as well as Phoma sensu stricto. Key and descriptions of these genera have been provided.


Saccardo przyporządkował rodzaj Phoma do Sphaeropsidales w Fungi Imperfecti. Jego gatunki charakteryzowały się wytwarzaniem hialinowych, jednokomórkowych zarodników konidialnych, które tworzyły się w piknidiach na pędach lub gałązkach roślin. Przez dziesiątki lat opisywano gatunki Phoma na podstawie cech morfologicznych badanych początkowo tylko in vivo, a następnie także in vitro na 3 standardowych pożywkach. Zróżnicowanie morfologiczne gatunków Phoma doprowadziło do wyróżnienia 9 sekcji w tym rodzaju. Przeprowadzone wkrótce badania filogenetyczne gatunków typowych wszystkich sekcji wykazały, że należały one do rzędu Pleosporales, ale do 3 różnych rodzin. Wykazano, że liczba rodzajów wyróżnionych ostatnio z Phoma przewyższa liczbę opisanych wcześniej sekcji. Na podstawie właściwości filogenetycznych i cech morfologicznych gatunków zaliczonych wcześniej do wszystkich sekcji rodzaju Phoma scharakteryzowano nowo wyłonione rodzaje. Wśród nich są taksony opisane pierwszy raz, np. Boeremia oraz rodzaje, dla których przywrócono wcześniejsze ich nazwy, np. Plenodomus, a także Phoma sensu stricto. Zamieszczono klucz do rodzajów i ich charakterystykę.


Key words
Phoma sensu lato; key to genera; characters of genera; klucz do rodzajów; charakterystyka rodzajów 
References

Aa H.A. van der, Boerema G.H., Gruyter J. de 2000. Contribution towards a monograph of Phoma (Coelomycetes) – VI 1. Section Phyllostictoides: Characteristics and nomenclature of its type species Phoma exigua. Persoonia 17: 435–456.

Aveskamp M.M., Gruyter J. de, Woundenberg J.H.C., Verkley G.J.M., Crous P.W. 2010. Highlights of the Didymellaceae: A polyphasic approach to characterize Phoma and related pleosporalen genera. Studies in Mycology 65: 1–60.

Boerema G.H. 1964. Phoma herbarum Westend., the type species of the form-genus Phoma Sacc. Persoonia 3: 9–16.

Boerema G.H. 1993. Contribution towards a monograph of Phoma (Coelomycetes) – II. Section Peyronellaea. Persoonia 15: 197–221.

Boerema G.H. 1997. Contribution towards a monograph of Phoma (Coelomycetes) – V. Subdivision of the genus in sections. Mycotaxon 64: 321–333.

Boerema G.H., Dorenbosch M.M.J., Loerakker W.M. 1981. Notes on Phoma. Transactions of the British Mycological Society 77: 61–74.

Boerema G.H., Gruyter J. de, van Kesteren H.A. 1994. Contributions towards a monograph of Phoma (Coelomycetes) – III 1. Section Plenomodus: Taxa often with a Leptosphaeria telemorph. Persoonia 15: 431–487.

Boerema G.H., Gruyter J. de, Noordeloos M.E. 1997. Contributions towards a monograph of Phoma (Coelomycetes) – IV. Section Heterospora: Taxa with large sized conidial dimorphs, in vivo sometimes as Stagonosporopsis synanamorphs. Persoonia 16: 335–371.

Boerema G.H., Gruyter J. de, Noordeloos M.E., et Hamers M.E.C. 2004. Phoma Identification Manual. Differentation of Specific and Infra-Specific Taxa in Culture. CABI Publishing, Wallingford, 448 pp.

Gruyter J. de 2012. Revised taxonomy of Phoma and allied genera. PhD thesis. Wageningen University, Wageningen, NL, 181 pp.

Gruyter J. de, Aveskamp M.M., Woundenberg J.H.C., Verkley G.J.M., Groenewald J.Z., Crous P.W. 2009. Molecular phylogeny of Phoma and allied anamorph genera. Towards a reclassification of the Phoma complex. Mycological Research 30: 1–12.

Gruyter J. de, Boerema G.H. 2002. Contributions towards a monograph of Phoma (Coelomycetes) – VIII. Section Paraphoma: Taxa with setose pycnidia. Persoonia 17: 541–561.

Gruyter J. de, Boerema G.H., Aa H.A. van der 2002. Contributions towards a monograph of Phoma (Coelomycetes) – VI 2. Section Phyllostictoides: Outline of its taxa. Persoonia 18: 1–53.

Gruyter J. de, Woundenberg J.H.C., Aveskamp M.M., Verkley G.J.M., Groenewald J.Z., Crous P.W. 2010. Systematic reappraisal of species in Phoma section Paraphoma, Pyrenochaeta and Pleurophoma. Mycologia 102: 1066–1081.

Gruyter J. de, Woundenberg J.H.C., Aveskamp M.M., Verkley G.J.M., Groenewald J.Z., Crous P.W. 2012. Redisposition of Phoma-like anamorphs in Pleosporales. Studies in Mycology 75: 1–36.

Kirk P.M., Cannon P.F., David J.C., Stalpers J.A. 2001. Ainsworth and Bisby’s Dictionary of the Fungi. Ninth Edition. CAB International, Wallingford, 655 pp.

Kirk P.M., Cannon P.F., Minter D.W., Stalpers J.A. 2008. Ainsworth and Bisby’s Dictionary of the Fungi. Tenth Edition. CAB International, Wallingford, 771 pp.

Kirk P.M., Stalpers J.A., Braun U., Crous P.W., Hansen K., Hawksworth D.L., Hyde K.D., Lücking R., Lumbsch T.H., Rossman A.Y., Seifert K.A., Stadler M. 2013. A without-prejudice list of generic names of fungi for protection under the International Code of Nomenclature for algae, fungi, and plants. IMA Fungus 4: 381–443.

Marcinkowska J. 2003. Oznaczanie rodzajów grzybów ważnych w patologii roślin. Fundacja – Rozwój SGGW, Warszawa, 328 ss.

Morgan-Jones G. 1988. Studies in the genus Phoma XV. Concerning Phoma herbarum, the type species, a widespread saprophyte. Mycotaxon 33: 81–91.

Morgan-Jones G., White J.F. 1983. Studies in the genus Phoma III. Paraphoma, a new genus to accommodate Phoma radicina. Mycotaxon 18: 57–65.

Mułenko W., Majewski T., Ruszkiewicz-Michalska M. 2008. A preliminary checklist of micromycetes in Poland. W. Szafer Institute of Botany, P.A.S., Kraków.

Norvell L.L. 2011. Melbourne approves a new Code. Mycotaxon 116: 481–490.

Punithalingam E., Gibson I.A.S. 1976. Phoma medicaginis var. pinodella. Descriptions of Pathogenic Fungi and Bacteria. Set 52, No. 518, CMI, Kew.

Saccardo P.A. 1880. Conspectus generum fungorum italiae inferiorum nempe ad Sphaeropsideas, Melanconieas et Hyphomyceteas pertinentium, systemate sporologico dispositoru. Michelia 2: 1–38.

Torres M.S., Bergen M., Singh S., Bischoff J., Sullivan R.F., White J.F. 2005. Plenodomus morganjonesii sp. nov. and a discussion of the genus Plenodomus. Mycotaxon 93: 333–343.

Progress in Plant Protection (2016) 56: 204-211
First published on-line: 2016-06-13 15:13:21
http://dx.doi.org/10.14199/ppp-2016-034
Full text (.PDF) BibTeX Mendeley Back to list