@Articles{, author = {Arnika Jeszke and Żaneta Fiedler and Aleksandra Obrępalska-Stęplowska}, title = {{Characterization of the rDNA sequence of rose thrips (Thrips major Uzel) and its phylogenetic analysisPoznanie sekwencji rDNA i analiza filogenetyczna wciornastka cyklamenowca (Thrips major Uzel)}}, journal = {Progress in Plant Protection}, year = {2013}, volume = {53}, number = {4}, pages = {655-658}, abstract = {Thrips major is a polyphagous insect, which occurs on each continent. In Poland T. major usually attacks crops, ornamental plants and herbs. Although it is very common pest, there are only few fragments of its sequence available. Knowledge about its rDNA (ribosomal deoxyribonucleic acid) sequence is needed to develop new diagnostic methods that could allow for successful differentiation between T. major and other thrips species such as Frankliniella occidentalis and Thrips tabaci, which post higher risk to cultivations in Poland. The aim of this work was the characterization of rDNA sequence of T. major, its comparison with other thrips species’ sequences followed by phylogenetic analysis. In this work new PCR (polymerase chain reaction) primers were designed which enabled rDNA fragment amplification from most of Thripinae subfamily species. PCR reaction was carried out and obtained products of amplification were sequenced, followed by bioinformatic analysis. Then, T. major 18S-ITS1-5,8S-ITS2-28S rDNA region sequences were compared with already known sequences of following thrip species: T. tabaci, T. palmi, Scirtothrips dorsalis, Echinothrips americanus, Frankliniella schulzei, F. occidentalis and F. intonsa and phylogenetic analyses were performed.  Thrips major jest polifagiem występującym na wszystkich kontynentach. W Polsce bytuje zarówno na roślinach uprawnych, jak i na roślinach ozdobnych i ziołach. Pomimo powszechnego występowania, niewiele fragmentów jego genomu zostało zsekwencjonowanych. Znajomość sekwencji rDNA (ribosomal deoxyribonucleic acid – rybosomalnego kwasu deoksyrybonukleinowego) jest istotna dla opracowania diagnostyki molekularnej umożliwiającej skuteczne odróżnienie go od innych gatunków wciornastków, stanowiących większe zagrożenie dla upraw na terenie Polski, m.in. Thrips tabaci i Frankliniella occidentalis. Celem pracy było poznanie sekwencji regionu 18S-ITS1-5,8S-ITS2-28S rDNA wciornastka T. major oraz jego analiza porównawcza i filogenetyczna. W pracy zaprojektowano parę starterów uniwersalnych dla wielu gatunków z podrodziny Thripinae, umożliwiającą powielenie fragmentu rDNA T. major. Przeprowadzono reakcje PCR (polymerase chain reaction – łańcuchową reakcję polimerazy), a uzyskane w nich produkty poddano sekwencjonowaniu. Wyniki analizowano przy pomocy narzędzi bioinformatycznych. Uzyskane sekwencje T. major zestawiono z poznanymi wcześniej sekwencjami takich gatunków, jak: T. tabaci, T. palmi, Scirtothrips dorsalis, Echinothrips americanus, Frankliniella schulzei, F. occidentalis i F. intonsa oraz przeprowadzono analizy filogenetyczne.}, affiliation = {Instytut Ochrony Roślin - Państwowy Instytut Badawczy, Władysława Węgorka 20, 60-318 Poznań, Polska, Instytut Ochrony Roślin - Państwowy Instytut Badawczy, Władysława Węgorka 20, 60-318 Poznań, Polska, Instytut Ochrony Roślin - Państwowy Instytut Badawczy, Władysława Węgorka 20, 60-318 Poznań, Polska}, keywords = {Thrips major, rose thrips, sequencing, phylogeny, wciornastek cyklamenowiec, rDNA, sekwencjonowanie, filogeneza}, url = {https://www.progress.plantprotection.pl:443/?node_id=35&ma_id=396} }