@Articles{,
    	author	 = {Włodzimierz Przewodowski and Joanna Chołuj and Agnieszka Przewodowska},
    	title 	 = {{Influence of different methods of bacterial nucleic acid isolation on sensitivity of the PCR assayWpływ różnych sposobów izolacji kwasów nukleinowych z bakterii na czułość testu PCR  }},
    	journal  = {Progress in Plant Protection},
    	year	 = {2015},
    	volume   = {55},
    	number   = {3},
		pages    = {321-326},
    	abstract = {Isolation of nucleic acids of different plant pathogens is one of the most important stages, which have influence on the correct molecular diagnosis of these pathogens. This study investigated the suitability of two different DNA isolation techniques used in the diagnosis of Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus (Cms) – quarantine bacteria responsible for potato ring rot. The quality of the isolated DNA and the sensitivity of the two methods were assessed by spectrophotometric analysis, respectively/and the sensitivity of electrophoretic DNA PCR (polymerase chain reaction) assay. Two methods of DNA extraction were compared. The first of them with CTAB (cetyltrimethylammonium bromie) method allowed to remove the components of plant tissues and while destructing membranes released nucleic acids from bacterial cells (method 1). In the second method extraction of genomic DNA was done in the presence of high concentrations of salt, which involved the selective precipitation of nucleic acids (method 2). In addition to the efficiency of the compared extraction methods the impact of bacterial slime and buffer components on the quality of the obtained DNA were also assessed. It has been shown that the best quality of DNA and PCR sensitivity was obtained using the CTAB method. The high mucoid level of tested strains only marginally reduced the detection of bacteria Cms in PCR assay. Izolacja kwasów nukleinowych patogenów roślin jest jednym z najważniejszych etapów warunkujących prawidłową diagnostykę molekularną tych patogenów. W pracy badano przydatność różnych technik izolacji DNA kwarantannowych bakterii Clavibacter michiganensis ssp. sepedonicus (Cms) – sprawcy bakteriozy pierścieniowej ziemniaka, stosowanych w diagnostyce bakteryjnych patogenów ziemniaka. Jakość wyizolowanego DNA oraz czułość obu metod oceniano na podstawie odpowiednio analizy spektrofotometrycznej/elektroforetycznej DNA oraz czułości testu PCR (polymerase chain reaction – łańcuchowej reakcji polimerazy). Porównywano dwie różne metody izolacji DNA. Pierwsza z nich – metoda z wykorzystaniem CTAB (cetyltrimethylammonium bromie – bromek cetylotrimetyloamoniowy) umożliwia usunięcie komponentów tkanek roślinnych oraz destrukcję błon i uwolnienie kwasów nukleinowych z komórek bakterii (metoda 1). W drugiej z porównywanych metod ekstrakcję genomowego DNA przeprowadzano w obecności wysokiego stężenia soli powodującego selektywne wytrącanie kwasów nukleinowych (metoda 2). Oprócz efektywności metod ekstrakcji oceniano również wpływ śluzów bakteryjnych oraz komponentów buforów na jakość uzyskanych preparatów DNA. Wykazano, iż najlepszą jakość DNA i czułość testu PCR uzyskano stosując metodę CTAB, a wysoka mukoidalność badanych szczepów jedynie w nieznacznym stopniu obniżyła wykrywalność bakterii Cms testem PCR.},
		affiliation = {Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin - Państwowy Instytut Badawczy, Zakład Nasiennictwa i Ochrony Ziemniaka w Boninie, Bonin 3, 76-009 Bonin, Polska, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin - Państwowy Instytut Badawczy, Zakład Nasiennictwa i Ochrony Ziemniaka w Boninie, Bonin 3, 76-009 Bonin, Polska, Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin - Państwowy Instytut Badawczy, Zakład Nasiennictwa i Ochrony Ziemniaka w Boninie, Bonin 3, 76-009 Bonin, Polska},
		keywords = {<em><span>Clavibacter michiganensis </span></em><span>ssp. <em>sepedonicus</em>, DNA isolation, PCR, CTAB, <span>izolacja DNA</span>  </span>},
    	url 	 = {https://www.progress.plantprotection.pl:443/?node_id=35&ma_id=1356}
    }