Progress in Plant Protection

Development of the real-time RT-PCR technique for the detection of Soil-borne wheat mosaic virus (SBWMV)
Zastosowanie techniki real-time RT-PCR w diagnostyce wirusa odglebowej mozaiki pszenicy (Soil-borne wheat mosaic virus, SBWMV) 

Katarzyna Trzmiel, e-mail: K.Trzmiel@iorpib.poznan.pl

Instytut Ochrony Roślin – Państwowy Instytut Badawczy Zakład Wirusologii i Bakteriologii , Władysława Węgorka 20, 60-318 Poznań , Polska

Małgorzata Jeżewska

Instytut Ochrony Roślin – Państwowy Instytut Badawczy Zakład Wirusologii i Bakteriologii , Władysława Węgorka 20, 60-318 Poznań, Polska
Abstract

Soil-borne wheat mosaic virus (SBWMV) was detected in Poland for the first time in 2010 in the Southern Greater Poland and in the following years in the Lower Silesia and in the Pomerania regions. All found isolates induced mild symptoms of disease. Stunting without typical leaf mosaic of infected plants was observed. A low concentration of the virus in plant sap caused troubles in diagnostics. Difficulties in interpreting of obtained ambiguous results of ELISA test and RT-PCR technique were the main problem. The specific primers and real-time RT-PCR conditions were developed to improve sensitivity and of this assay for the detection of SBWMV. It can be used when the virus concentration in infected plants is very low and the standard ELISA test and RT-PCR technique failed.

 

Wirus odglebowej mozaiki pszenicy (Soil-borne wheat mosaic virus, SBWMV) wykryto w Polsce po raz pierwszy w 2010 roku, w południowej Wielkopolsce, a w kolejnych latach na Dolnym Śląsku i na Pomorzu. Wszystkie wykryte izolaty powodowały łagodny przebieg choroby. Obserwowano jedynie zahamowanie wzrostu chorych roślin bez typowych objawów mozaiki liści. Niska koncentracja cząstek wirusowych w soku porażonych roślin powodowała kłopoty w diagnostyce. Główny problem polegał na trudnościach w interpretacji otrzymywanych często niejednoznacznych wyników zastosowanego testu ELISA oraz techniki RT-PCR (reverse transcription – polymerase chain reaction). Dzięki opracowaniu specyficznych starterów oraz warunków przebiegu reakcji odwrotnej transkrypcji i łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym (real-time RT-PCR) wykazano przydatność tej techniki do wykrywania SBWMV i do weryfikacji wątpliwych wyników. 

Key words
SBWMV; real-time RT-PCR; detection; wykrywanie
References

Gitton F., Diao A., Ducrot O., Antoniw J.F., Adams M.J., Maraite H. 1999. A two-step multiplex RT-PCR method for simultaneous detection of soil-borne wheat mosaic virus and wheat spindle streak mosaic virus from France. Plant Pathology 48: 635–641.

Koenig R., Huth W. 2003. Natural infection of wheat by the type strain of Soil-borne wheat mosaic virus in a field of Southern Germany. European Journal of Plant Pathology 109: 191–193.

Price J.A., Smith J., Simmons A., Fellers J., Rush C.M. 2010. Multiplex real-time RT-PCR for detection of Wheat streak mosaic virus and Triticum mosaic virus. Journal of Virological Methods 165: 198–201.

Ratti C., Budge G., Ward L., Clover G., Rubies-Autonell C., Henry Ch. 2004. Detection and relative quantification of Soil-borne cereal mosaic virus (SBCMV) and Polymyxa graminis in winter wheat using real-time PCR (TaqMan®). Journal of Virological Methods 122: 95–103.

Rosen S., Skaletski H.J. 2000. Primer3 on the WWW for general use and for biologist programmers. p. 365–386. In: “Bioinformatics Methods and Protocols: Method in Molecular Biology” (S. Krawetz, S. Misenes, eds). Humana Press, Totowa/New Jersey, 500 pp.

Trzmiel K., Jeżewska M., Zarzyńska A. 2012. First report of Soil-borne wheat mosaic virus (SBWMV) – infecting triticale in Poland. Journal of Phytopathology 160 (10): 614–616.

Verchot-Lubicz J. 2004. Soil-borne wheat mosaic. p. 585–588. In: “Viruses and Virus Diseases of Poaceae (Gramineae)” (H. Lapierre, P.A. Signoret, eds). Institut National de la Recherche Agronomique, Paris, 857 pp.

Zhang X., Zhou G., Wang X. 2010. Detection of wheat dwarf virus (WDV) in wheat and vector leafhopper (Psammotettix alienus Dahlb.) by real-time PCR. Journal of Virological Methods 169: 416–419. 

Progress in Plant Protection (2015) 55: 78-82
First published on-line: 2015-01-27 11:55:55
http://dx.doi.org/10.14199/ppp-2015-013
Full text (.PDF) BibTeX Mendeley Back to list